水城县有32个乡、1个镇卫生院，5个直属医疗卫生机构，现有卫生专业技术人员642人，设立372个村卫生室，共有村级卫生人员631人。2007年，全县总农业人口数695766人，参合人数为591689人，参合率为85.04%，基金总费用为2958.45万元。全年总就诊人次为255418人次（其中住院27375人次、门诊228043人次），共计报销医药费用1812.77万元（其中住院费用1291.29万元、门诊费用521.48万元），基金使用率为61.27%。2008年，全县总农业人口数658472人，参合人数为602842人，参合率为91.55%，共计报销医药费用482.37万元。